Ellen Fischer starter sin kunstneriske løbebane på teknisk skole i Odense, dernæst hos maleren Agnes Jensen, og slutteligt uddanner hun sig på Kunstakademiet i København fra 1908–1912. Hun studerer i Paris på André Lhotes maleriskole og bosætter sig herefter - med ægtefællen billedhuggeren Adam Fischer - i byernes by, 1913–33.

Hendes mangeårige liv i Paris sætter et dybt og varigt præg på hendes kunst, som ikke umiddelbart lader sig indføje i dansk malertradition. I særdeleshed Cézannes, men også Bonnards og Pissarros farveanvendelse indgår i hendes maleriske sprog, hvor landskaber, opstillinger og interiører hører til den foretrukne emnekreds. Kompositionen her er koloristisk uovertruffen og viser en står forståelse for studiet af materialers særegenhed. Der dannes referencer til den barokke kunsts Momento Mori symbolik, men samtidig er sammenstillingen af objekter fremadsynet og nærmest surreel.

Ellen Fischer bliver ofte nævnt i forbindelse med hendes mand, men fortjener – som så mange andre af de danske kvindelige kunstnere – sin egen plads i kunsthistorien. Hendes arbejder kan ses blandt andet på Randers Kunstmuseum og i Den kongelige Kobberstikssamling.