Marie Henriques kom fra en kunstnerisk familie, der støttede hende i drømmen om at blive kunstner. Hun startede sin kunstneriske uddannelse med privatundervisning hos maleren Frants Henningsen (1850–1908) og i 1888 betalte hendes far for et halvt års ophold i Paris, hvor hun modtog undervisning af malerne Alfred Stevens (1823–1906), Christian Krogh (1852–1925) og Othon Friesz (1879–1949). Samme år blev hun elev på den nyoprettede Kunstakademiets Kunstskole for Kvinder, hvor hun studerede frem til 1893. Henriques debuterede på Charlottenborg i 1889, og hun udstillede hér i adskillige år. Hun deltog derudover i en lang række udstillinger og havde adskillige separatudstillinger. Hun malede overvejende naturalistisk, men blev også inspireret af impressionismen og fandt dertil et forbillede i bl.a. Anna Ancher og malede i lighed med denne portrætter, interiører og opstillinger.

Marie Henriques var i 1916 medstifter af Kvindelige Kunstneres Samfund, hvis formål var at sikre kvindelige kunstnere samme vilkår som mandlige kunstnere, bl.a. ved at få kvinder indvalgt i Akademirådet og Charlottenborg Forårsudstillings komité. Henriques sad i foreningens bestyrelse indtil 1935. I 1920 var hun både medarrangør og deltager på den store udstilling Kvindelige Kunstneres Retrospektive Udstilling, som Kvindelige Kunstneres Samfund stod bag. Hun var desuden medlem af Akademirådet i 1932–34, medlem af bestyrelsen for Kunstforeningen i 1935–37 samt medlem af Ny Carlsbergfondets Museumslegat.

Henriques var på adskillige studieture i udlandet, bl.a. i Italien, Spanien, Nordafrika, England, Holland og Grækenland. Hun udførte flere akvareller og farvelitografier af arkitektur og antikkens polykrome skulpturer, som hun opnåede stor anerkendelse for i sin samtid.